商业版程序更新包和二次开发冲突的最佳解决办法是什么？

详细问题

买来的商业版程序一般官方只提供压缩包方式的更新包，而并无Git仓库来让你Pull代码；每次更新发给你一个压缩包，一般需要手动解压覆盖到项目；那么问题来了，程序可能我也不间断的在二次开发，官方也在更新发布新的更新包，那么如何快速的而智能的合并我和官方的更新内容并快速解决冲突呢？

当前做法（感觉较笨 应有更佳）

由于官方并未提供Git仓库让我来自动Pull代码，所以我建了两个仓库，一个模拟官方仓库，只放官方原版代码；另一个仓库是我二次开发的仓库，这个仓库有两个remote，其中一个就是刚才说的模拟仓库。每次官方更新后，我都要把压缩包覆盖到模拟仓库并提交；然后二次开发仓库再从模拟仓库pull代码下来，处理冲突再提交；这么做就是模拟了本来官方没有提供的Git仓库，感觉笨笨的；各位大神应有更好的办法求分享。