请教各位大佬一个关于MySQL的问题

1.需求:要从第三方获取到数据做数据统计。
2.第三方考虑到安全问题,不让我们直接连他们的数据库,只能通过一台跳板机(windows的)去连接。
3.跳板机会通过navicate的自动运行功能每天凌晨同步第三方的最新数据。
4.我们再连接跳板机的数据库,通过laravel的任务调度脚本(schedule)将数据同步到自己的数据库。因为要做数据统计,脚本中拉取的数据表结构可能不同，所以不能直接用跳板机的数据库。就有点麻烦。

目前有个问题就是,比如第一天的时候 第三方客户表中有3条数据,跳板机中会同步到3条数据,然后我们也会拉取到3条数据。第二天的时候,新增了3条,同时修改了之前的3条数据,跳板机中因为是每天清空表重新拉取一次数据肯定会维持最新的。而我们只拉取新增的，修改的数据不会执行更新。该如何解决？

问题可以简化一下就是:从数据库A拉取数据到数据库B,因为数据量比较大,数据B每天只拉取数据库A中新增的数据,那么数据库A如果有数据更新 怎么在数据库B中进行更新?因为要做报表、数据统计的功能,所以表结构会有点差异,也没法修改别人的数据库配置,无法做成主从数据库同步的那种。所以请教大家,我该咋办。。如果每天都清空表重新拉取一遍就太慢了