laravel中在model里面重写where怎么写？

没有的，你只是兼容处理主键的话whereKey更好用

这样写确实可以实现效果 但是不知道有没有隐患

public function where($column){
        if(isset($column['id'])) {
            $column['_id'] = $column['id'];
            unset($column['id']);
        }
        return static::query()->where($column);
}

使用局部作用域：快速入门《Laravel 9 中文文档》 可达到这个需求

public function scopeMongodbId($query, $id, $operator = "=")
{
    return $query->where('_id', $operator, $id);
}

$users = User::mongodbId($id, ">")->get();

没有用 mongodb 的 ORM 吗

全局作用域（软删除就是这么实现的）
快速入门《Laravel 6 中文文档》

光就这一点，实数没必要

//AppServiceProvider里面注册一个宏
use Illuminate\Database\Query\Builder;
use Illuminate\Database\Eloquent\Builder as EloquentBuilder;
...
Builder::macro('whereMongodbId', function ($id,$op = '=',$key = '_id') {
    $this->where($key,$op,$id);
    return $this;
 });
EloquentBuilder::macro('whereMongodbId', function ($id,$op = '=',$key = '_id') {
    $this->getQuery()->where($key,$op,$id);
    return $this;
});
//使用
DB::name('some_table')->whereMongodbId(123)->first();
AModel::whereMongodbId(123)->first();

//或者激进点
Builder::macro('IdEq', function ($id) {
    $this->where('_id','=',$id);
    return $this;
});
Builder::macro('IdLt', function ($id) {
    $this->where('_id','<',$id);
    return $this;
});
Builder::macro('IdGt', function ($id) {
    $this->where('_id','>',$id);
    return $this;
});

这个 ORM 不会自动处理嘛？